Это не тавтология, но плеоназм (лексическая избыточность высказывания), т. к. навык вредным не бывает (тавтология – неоправданное соседство однокоренных слов: следует отметить следующие особенности текста).
Указанная запятая ставится.
Пунктуация верна, однако предложение содержит логическую погрешность: вряд ли знание можно назвать навыком.
Запятая перед что не требуется.
Нормативной рекомендации пока что нет, однако предпочтительно написание с одной Л: скил, скилы.